地下水科学与工程系共包括两个硕士招生专业：地下水科学与工程专业（学术型硕士）及土木水利专业（专业型硕士）；两个博士招生专业：地下水科学与工程专业（学术型博士）及资源与环境专业（专业型博士）。
学术学位研究生的培养方式以学术研究工作为主，采取课程学习、科学训练、学术交流和社会实践等科教融合的方式。学习、科学训练、学术交流和社会实践等科教融合的方式。学术学位硕士研究生的培养工作实行指导教师个别指导或者指导教师负责的指导小组集体培养相结合的指导方式。
专业型学位研究生的培养方式采用课程学习、专业实践和学位论文相结合的方式，学位论文坚持实际应用导向。专业学位研究生的培养实行双导师制，以校内导师指导为主。校内导师由学院本学科硕士生导师担任，负责指导个人培养计划的制定、学位论文撰写等工作。聘任来自企业具有丰富工程实践经验的专家作为校外导师参与实践过程、项目研究、课程与论文等多个环节的专业学位公司产品全过程指导工作。
